Alrededor de 1550 los barreteros (trabajadores de las minas) empezaron a vivir a los alrededores del templo, formando poco a poco un pueblo minero, así, pronto estos habitantes necesitaron un lugar para honrar a Dios, a mediados del siglo XVI ya existía la antigua capilla de las animas que seguramente estuvo en pie hasta 1750.

Don Antonio de Obregón y Alcocer (conde de la Valenciana) era muy devoto de San Cayetano Confesor y ante la presión económica y lo que se tenia que retribuir a la corona, pidió un milagro a este santo para encontrar el mineral. Un 7 de agosto, en la fiesta de San Cayetano se encontró la veta madre más grande y rica de toda la Nueva España por eso le prometió al santo construirle un templo tan bello y esplendoroso que manifestara la riqueza que las entrañas de esta tierra le habían dado.

Esta pila bautismal perteneció al extinto Templo de San Juan Bautista en San Juan de Rayas. Es una pieza de cantera verde y madera con baño de oro. El templo tuvo otra pila bautismal en la entrada en una capilla a la derecha, esa pila estaba empotrada a la pared y fue demolida.

El mismo día de la dedicación del Templo, también se bendijo y estrenó el órgano. Tiene 1700 tubos y lengüetas con dos teclados, para el teclado superior o principal se construyeron 19 registros para la mano izquierda y 20 para la derecha, mientras el teclado inferior con su base en 4 pies se compone de 6 registros más una corneta de ecos. No se conoce el nombre del constructor, es un instrumento bellísimo de la mayor calidad y gracias a Dios el 90% de todas sus piezas son originales.

El retablo principal esta dedicado el santo patrono, San Cayetano Confesor; quien aparece arriba del baldaquino escoltado por dos ángeles de cuerpo completo.

El altar tiene además de la imagen de San Cayetano hasta arriba a la Madre Santísima de la Luz que es la patrona de nuestra Arquidiócesis de León, a sus lados izquierdo y derecho; San Gabriel y San Rafael Arcángel. Hacia abajo a la izquierda San Francisco de Asís y a la derecha San Juan Nepomuceno. Más debajo de estos últimos San José que es el patrono de la Iglesia Universal a la izquierda y a su derecha San Nicolas Tolentino patrono de los mineros. En el interior del baldaquino originalmente hubo una gran custodia y ahora se ha agregado un Cristo. Abajo del baldaquino hay un sagrario bellamente tallado con una custodia. En las bases inferiores del retablo de cada lado hay dos medallones que tienen bulas escritas del Papa Pío VI en las que concede indulgencias de forma perpetua para quien celebre la eucaristía en el altar mayor.

Uno de los elementos mas bellos del interior del templo es su pulpito, esta tallado en madera de bálsamo y caoba, tiene una planta octagonal igual que la cúpula. Quizá lo mas importante y bello del pulpito son sus taraceas que es una técnica artesanal antigua casi en peligro de extinción, donde se utilizan piezas cortadas de distintos materiales y se van encajando en la madera hasta realizar un diseño decorativo. En este caso los materiales incrustados en la decoración del pulpito son taraceas de madera de naranjo y rosa y hueso y marfil. Arriba hay un tornavoz también octagonal, no es que el pulpito tenga un techo es una necesidad acústica y a este tornavoz lo remata y embellece una escultura de madera de caoba de San Agustín de Hipona.

Un elemento muy peculiar de la decoración interior del templo son sus hermosas almohadillas, todas las columnas y arcos de medio punto están engalanados con esta notable expresión. Hay que destacar que ninguna almohadilla es igual a otra; todas las tallas son únicas e irrepetibles.